شهید آیت‌اله نعمتی کلخوران در بیست‌و‌نهم فروردین ماه 1363، در منطقه جزيره مجنون عراق براثر اصابت تركش به ســر، شهيد شد. مزار او در گلزار شهداي ججین شهر اردبیل واقع است.