شهید محمدعلی آل جعفر در بیستم دی 1365، با سمت معاون فرمانده گروهان در عملیات کربلای 5 شلمچه بر اثر اصابت ترکش سینه و سر، شهید شد. مزار وی در گلزار شهدای غریبان شهر اردبیل واقع شد.