شهید یوسف آقاخانی در بیست و سوم اسفند 1363، در عملیات بدر در جزیره مجنون عراق بر اثر اصابت ترکش به پا و سر شهید شد. مزار او در گلزار شهدای ججین شهر اردبیل قرار دارد.