شهید اسماعیل خلیلی در بيست‌ودوم فروردين ماه 1362، با سمت فرمانده دسته در منطقه شرهاني توسط نيروهاي عراقي براثر اصابت گلوله به شــهادت رســيد. پيكر او در گلزار شهداي بهشــت فاطمه (س) شهر اردبيل به خاک سپرده شد.